ラテン語 bene に由来します。bene は well「よい」 や in the right way「ただしく進む」を意味します。よい方向へ進んでいるイメージがあります。たとえば、benefit は「利益」であったり、bonus は「ボーナス」ですが、どちらもその人にとって「よい」ものでしょう。

ちなみに、フランス語で Bon Voyage! というフレーズを耳にしたことがあるかもしれません。このフレーズは「よい旅を」を意味します。気づかれたかもしれませんが、Bon と bene は語源が一緒です。